Těžiště práce v tzv. „rehabilitačních třídách" spočívá v komplexním speciálně pedagogickém působení na tělesný a psychický rozvoj žáků, spojeném s důsledným respektováním jejich individuálních zvláštností a potřeb. Cílem výuky je pak rozvoj komunikačních dovedností, aktivního pohybu, určitá míra samostatnosti a základů sebeobsluhy.
Ve třídě pracují dva speciální pedagogové - učitel a vychovatel, většinou doplněni ještě asistentem pedagoga. K navazování a rozvoji sociálních kontaktů, prostorové orientace a aktivního pohybu používají „Metodu pohybového rozvoje podle V. Sherborne". Pro zajištění stabilní pozice dítěte při cílené výuce, příjmu potravy i relaxaci speciální polohovací a vertikalizační pomůcky. Při nácviku správného příjmu potravy, zejména u dětí s DMO, využívají orofaciální a bukofaciální techniky, které podporují lepší zpracování v ústech a usnadňují polykání.
Vyučování probíhá opět v blocích, žáci se řídí názorným rozvrhem hodin. Součástí výuky jsou také doplňující výukové metody a programy.